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甲基苯丙胺除中枢神经成瘾性物质还可对机体的其他系统造成不同程度的损害
（1）血管与心脏损害：所有毒品均由地下作坊生产，其成分变化不定，十分复杂，加之在贩运过程中为了增加重量和获得高额利润，贩毒者还会不断地加入镇静催眠药、解热镇痛药、滑石粉、石灰等其他成分，这些成分一旦进入血液可引起溶血、血栓形成、血管栓塞、局部感染等相关疾病。
常见的有：血栓形成、血管栓塞（脑血栓、大动脉栓塞）及坏死性脉管炎、细菌性心内膜炎和心瓣膜炎等，心电图研究显示，甲基苯丙胺可导致心脏传导阻滞、心律不齐等心律失常，还可起心率加快、心跳不规则，甚至严重心率失常和心脏病发作等，甚至可引起血管收缩、心率加快、血压升高、头痛、中风甚至昏迷。
（2）呼吸系统损害：通过呼吸道吸入使用甲基苯丙胺是许多甲基苯丙胺的用药方式，这类使用甲基苯丙胺的方式可使甲基苯丙胺直接与呼吸道接触，造成呼吸系统损害。
常见的有：气管炎、支气管炎和支气管肺炎、支气管哮喘、肺气肿、肺栓塞、肺脓肿等。长期以鼻吸方式使用可导致嗔觉丧失、流鼻血、鼻中隔穿孔、慢性鼻炎、流涕、声音嘶哑和吞咽困难等。过量可抑制呼吸中枢，使呼吸减慢或停止，导致大脑缺氧，进而出现脑水肿、呼吸衰竭死亡等。
（3）消化系统损害：甲基苯丙胺可直接导致严重的牙齿损害。甲基苯丙胺成瘾者大都伴有肝功能异常如谷丙转氨酶升高，有的还可见肝脏血管栓塞和小片状坏死等，还可引起肠道缺血而出现肠坏死，同时还可抑制肠蠕动引起便秘。长期使用者多数可出现食欲丧失、体重减轻和营养不良等。
（4）泌尿生殖系统损害：男性甲基苯丙胺成瘾者可见明显性功能障碍和生育能力降低。
根据研究：甲基苯丙胺能造成射精延迟以及性高潮障碍和性唤起障碍。使用甲基苯丙胺的男性与不使用甲基苯丙胺的对照组相比，约70%的男性可发生射精障碍或射精不畅，在长期使用甲基苯丙胺时达到射精的时间比其不使用海洛因时降低4倍。研究还证实在甲基苯丙胺成瘾期间，不吸食甲基苯丙胺性欲基本处于完全丧失的状况。国外一些针对女性药物滥用者的研究显示，吸食甲基苯丙胺的女性，在不吸食甲基苯丙胺的情况下其性欲下降比例也达到60%以上，虽然在戒毒后，原本丧失性欲的人性可以慢慢恢复，长期吸食甲基苯丙胺的成瘾人员要达到正常水平却非常困难。
（5）新生儿异常及戒断症状：临床观察显示，甲基苯丙胺成瘾的孕妇其胎儿畸形、流产、早产、未或熟新生儿、死胎等发生率远高于正常孕产妇。甲基苯丙胺成瘾者所生产的新生儿有50%为低体重儿(体重低于2500g)，80%的新生儿窒息、颅内出血、低血糖和低血钙等。
据报道，孕妇吸毒时间大于1年者，所娩出的新生儿有60%〜90%出现新生儿戒断症状，表现为篇激惹、竭力啼哭、震颤、反射亢进、呼吸加快、哈欠、呕吐、发热和稀便等症状，在最初的戒断症状消失后，新生儿的易激惹情绪仍可延续3~4个月之久。
研究显示：孕期使用甲基苯丙胺的孕妇其早产、低体重、小头围和身长不足的比例远高于没有使用甲基苯丙胺的孕妇。滥用甲基苯丙胺的孕妇所生的新生儿可出现视觉刺激反应改变、易激惹、髙声哭叫等症状。
（6）婴幼儿发育障碍：妊娠期的甲基苯丙胺滥用与出生后婴幼儿发育障碍有关已没有疑义。研究者应用一些精密的方法，在社会经济条件和生活环境相同的前提下，对甲基苯丙胺滥用组和非甲基苯丙胺滥用组孕妇所生婴幼儿和儿童进行了认知表现、信息处理过程和注意力集中方面的比较，发现前者明显低于后者。孕期暴露于甲基苯丙胺的胎儿到学龄期其持续注意能力和记忆能力均不如正常儿童，且在校期间的解决问题技巧、记忆力和注意力保持能力均出现欠缺。
